García-Margallo ha condenado la insubordinación de las fuerzas de seguridad de Ecuador y ha pedido a las fuerzas armadas del país que respeten las instituciones democráticas.
Asimismo, ha solicitado a la responsable de la Política Exterior de la UE, la baronesa Catherine Ashton, que entable todos los contactos al más alto nivel para ayudar a Ecuador a volver a la normalidad.
La decisión de la Asamblea nacional ecuatoriana de eliminar los incentivos sobre los ascensos y extender el plazo para concederlos parece ser el principal motivo de la revuelta iniciada durante la visita del presidente de Ecuador, Rafael Correa, a un hospital que se encontraba en el interior de un cuartel militar, en donde ha estado retenido durante varias horas hasta que ha sido liberado por un grupo de militares en medio de un intenso tiroteo.
El Gobierno de Ecuador ha decretado el estado de excepción durante una semana, debido a que la revuelta se ha desplazado de Quito a otras ciudades del país.
La delegación para las relaciones con la Comunidad Andina del Parlamento Europeo que preside José Manuel García-Margallo es la responsable de los contactos con Bolivia, Colombia, Ecuador y Perú, así como con el Parlamento Andino (Parlandino).